弗朗西斯·培根这幅三联画曾在纽约拍出1.42亿美元天价
1993年由阿其烈·伯尼托·奥利瓦策展的展会呈现了杰出的国际性和跨领域视野。有45个国家参加了那届双年展，呈现了弗朗西斯·培根，约翰·凯奇，彼得·格林那威等人的个展。第45届双年展推迟到了1993年举行，为了使下一届展会能够正好是双年展百年。“Cardinal Points of the Arts ”（艺术的主轴）是那届展会的标题，用15个成系列的展览阐释了这一主题。在科雷尔博物馆的展览由大卫·西尔维斯特设计，展出的培根作品尤为重要（培根在那一年过世）。德国国家馆的一层被艺术家汉斯·哈克所“破坏”，导致参观者不得不在“一个国家的碎片”上行走。德国馆也因此赢得最佳参与国奖。同时，艺术家卡巴科夫（Ilja Kabakov）将俄罗斯国家馆转化为某种被弃置物所填满的荒凉之所。
1995年的双年展首次迎来了非意大利人的主席，即法国人让·克莱尔，他在葛拉西宫设立了以人类面容和身体为主题的大型展览。主题展名为“Identity and Alterity”（身分与差异），回顾了20世纪环球最重要的博物馆的大师与作品。也是在这一年，双年展开始推广每个环节的活动。
1997年的双年展，“Future, Present,and Past”（未来，现在，过去)，由切兰（Germano Celant）策展，对于1967到1997年这三代艺术家是一次完美的重聚。双年展吸引了58个国家参与，金狮奖授予了玛丽娜·阿布拉莫维奇和杰哈·利希特（Gerard Richter）。
1999年，双年展对威尼斯军械库展区的海军历史遗迹进行了大规模改造，将其变成更加适合的展览空间。国际性主展原先只能局限于意大利国家馆狭小的空间内，现在可以扩展到更加巨大的场域内。1999年和2001年的双年展均由哈罗德·史泽曼（Harald Szeemann）策展，前者的主题为“dAPERTutto (APERTO over ALL) ”（全面开放），后者的主题为“Plateau of Humankind”（人类的剧场）。
